Vor 600 Jahren, im Jahre 1424, wurde die Stumpenmühle als "Haintzlin Mühlin" erstmals urkundlich erwähnt. Zur Unterscheidung von der Bruckmühle, der unteren Mühle, war auch die Bezeichnung „obere Mühle“ in Gebrauch.
1603 kaufte Wilhelm von Nippenburg die „Obere Mühl“. In der Mitte des 17. Jahrhunderts brannte die Mühle ab und lag danach mehrere Jahrzehnte wüst. Ernst Ludwig Leutrum von Ertingen und seine Frau Friederike Juliane von Stockheim veranlassten 1705 den Bau einer neuen Mühle.
Auf zwei mächtigen Tragsäulen im Mühlenraum sind ihre Initialen eingraviert, ebenso das Erbauungsjahr im Gebälk. Der Name „Stumpenmühle“ erinnert an das Schicksal der vorherigen Mühle, die bis auf die Grundmauern – Stumpen – abbrannte.
Auch außen auf dem Betriebsgelände gibt es Hinweise auf frühere Zeiten. Am Kellerabgang der Scheune sind die Initialen IBS zu lesen und weisen auf den Müller Johann Balthas Schwegler hin, der die Mühle 1813 kaufte.
Im Laufe der Jahrhunderte sind über 30 Mühlen entlang der Glems zwischen Leonberg und Unterriexingen urkundlich belegt. Als letzte der ursprünglich drei Schwieberdinger Mühlen an der Glems ist die Stumpenmühle noch in Betrieb. Seit 1902 ist sie im Besitz der Familie Nonnenmacher.
Im Inneren der Getreidemühle vereinen sich historische und moderne Bauelemente. Dienten bis 1932 noch große Wasserräder dem Antrieb, liefern heute moderne Turbinen die Antriebskraft für den erweiterten und modernisierten Mühlenbetrieb.